Нет, по крайней мере, не простым звонком. Файловые системы в целом (и операции с файловой системой Java в частности) не поддерживают «откат».
Однако вы можете подражать этому. Распространенным способом было бы сначала переименовать файл, чтобы он был помечен как находящийся в процессе обработки. Например, добавьте суффикс.
Затем обработайте его, затем измените файл. Если что-то пойдет не так, просто откатите БД, переименуйте все файлы с суффиксами обратно в их исходные имена, и все готово.
В качестве бонуса, на некоторых FS переименование даже атомарно, так что вы будете в безопасности даже при одновременных обновлениях (не знаю, относится ли это к вам). Я не знаю, является ли переименование файлов атомарным в Java, хотя; вам нужно проверить.