Вы можете использовать шаблон
FY(\d{2}) Q(\d)
И заменить спички на
20$1.$2
Пример
var input = @"FY18 Q4\r\nFY19 Q1\r\nFY19 Q2";
var pattern = @"FY(\d{2}) Q(\d)";
var replacement = "20$1.$2";
Console.WriteLine(Regex.Replace(input, pattern, replacement));
выход
2018.4
2019.1
2019.2
Полная демонстрация здесь
Объяснение

Примечание : Добавление 20
кажется немного проблематичным, и его следует использовать с осторожностью