Я предполагаю, что у вас есть сущность, которая имеет ManyToMany или ManyToOne с сущностью категории. Вы можете просто передать массив категорий, и он должен работать, если массив правильно сделан следующим образом:
qb = $this->_em->getConnection()->createQueryBuilder()
->select('c.id AS id')
->from('category', 'c')
->andWhere($qb->expr()->in('c.id',':categories'))->setParameter('categories', $categoriesArray);
В противном случае вы можете попытаться использовать setParameter с вашим массивом идентификаторов, взорвав массив:
qb = $this->_em->getConnection()->createQueryBuilder()
->select('c.id AS id')
->from('category', 'c')
->andWhere($qb->expr()->in('c.id', ':categories'))->setParameter('categories', implode(",",[1, 2]));