<html>
<head>
<script src="javascript.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript">
var myFile = 'myfile.php?sid=' + "<?php echo session_id() ?>";
$('#stuff').fadeOut("fast").load(myFile).fadeIn("fast");
</script>
Порядок включения в некоторой степени зависит от того, что находится внутри javascript.js. Если вы используете объявленную переменную 'myFile' внутри, сначала объявите ее. Если это просто библиотека, например jQuery, объявите это позже.