Я собирался посоветовать извлечь все файлы на одном уровне, а затем сделать из этого банку, поскольку система пакетов должна держать их аккуратно разделенными.
Это было бы ручным способом, я полагаю, что инструменты, указанные Стивом, сделают это хорошо.