Включите этот файл .htacces под своим базовым путем (то есть /../public):
RewriteEngine On
# Exclude some directories from URI rewriting
#RewriteRule ^(dir1|dir2|dir3) - [L]
RewriteRule ^\.htaccess$ - [F]
RewriteCond %{REQUEST_URI} =""
RewriteRule ^.*$ /public/index.php [NC,L]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/public/.*$
RewriteRule ^(.*)$ /public/$1
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f
RewriteRule ^.*$ - [NC,L]
RewriteRule ^public/.*$ /public/index.php [NC,L]
И оставьте .htaccess, который был в каталоге pubc, где он был.
Таким образом, у вас будет 2 файла .htaccess, один в общедоступном каталоге (обычный из документации Zend Framework) и второй в вашем базовом пути (тот, который я выложил выше).