Если вы спрашиваете, возможно ли нарушить кодировку в кодированном IonCube файле PHP, то я уверен, что ответ - да. Любая форма шифрования может быть нарушена при наличии достаточного времени и ресурсов.
Вам придется оценить их методы шифрования для себя, если вы хотите знать, насколько это безопасно. Если вы можете найти примеры его взлома в Google, то, возможно, это не тот путь. С другой стороны, может быть, это были просто крайние случаи или случаи, когда кто-то получил в свои руки ключ шифрования?
Вам придется взвесить предполагаемую безопасность продукта в соответствии с потребностями вашего клиента, чтобы использовать его. Нет решения на 100%, как только код покинул ваши руки.