Я предполагаю, что вы хотите взаимодействовать с cookie-файлами с удаленного веб-сервера, используя PHP, а не просто манипулировать cookie-файлами из клиентского браузера.
В этом случае взгляните на Zend_Http и связанные с ним классы в Zend Framework. Они позволяют выполнять HTTP-запросы с сохранением файлов cookie и многим другим.