Если вы загружаете файл размером 4000 строк и используете, возможно, одну функцию, которая составляет 10 строк, то да, я бы сказал, что это неэффективно. Даже если вы использовали множество функций из объединенной 1000 строк, это все равно неэффективно.
Мое предложение было бы объединить связанные функции и сохранить их в отдельных файлах. Таким образом, если страница имеет дело, например, только с функциями базы данных, вы можете загрузить только файл / библиотеку функций базы данных.
Еще одна причина разделения функций - ремонтопригодность. Если вам нужно изменить функцию, вам нужно найти ее в вашем монолитном включаемом файле. Вы также можете иметь функции, которые очень, очень похожи, но даже не понимаете этого. Сортировка функций по их функциям позволяет вам сравнивать их и избавляться от ненужных вещей или объединять две функции в одну более универсальную функцию.