Это можно сделать, присоединившись к агрегированной таблице и составив условную сумму на основе дат. Код ниже должен делать то, что вам нужно.
Create table #Data
(
Customer Varchar(50),
mis_date datetime,
sal_Ind int,
sal_amnt float,
exp_Salary float
)
Insert INTO #Data Values
('10001','2018-01-01','0','4000','8000'),
('10001','2018-01-02','1','1000','8000'),
('10001','2018-01-03','0','9000','8000'),
('10001','2018-01-04','0','500','8000'),
('10001','2018-01-05','1','1500','8000')
Select
D.Customer,D.mis_date,D.sal_Ind,D.exp_Salary
,D.exp_Salary - Sum(Case when d2.mis_date <= D.mis_date and D2.sal_Ind = 1 then D2.sal_amnt else 0 end) as DiffCalc
From #Data D
inner join #Data D2 on D.Customer = D2.Customer
group by D.Customer,D.mis_date,D.sal_Ind,D.exp_Salary