Вы смотрели на API удаленного доступа Jenkin ? С этим вы можете,
- получение информации от Jenkins для программного потребления.
- вызвать новую сборку
- создание / копирование заданий
согласно документации.
Вы можете вызвать этот API из HTTP-клиента, написанного на Java. Однако, если вам нужно отредактировать существующее задание, я не уверен, что это поможет, поскольку в нем говорится, что оно позволяет «создавать / копировать задание»