Перенос всего вашего кода на NiFi в значительной степени упускает из виду NiFi. Похоже, вам нужен механизм рабочего процесса, такой как Apache Oozie или Apache Airflow.
Если вы действительно хотите перейти на NiFi, попробуйте заменить кодовую логику процессорами NiFi. Это будет выглядеть лучше, и будет легче поддерживать.
Я должен предупредить вас, это будет нелегко, если вы плохо знаете NiFi. Сначала вы должны научиться пользоваться NiFi. После этого вы не пожалеете об этом:)