Я полагаю, что законное беспокойство Apple связано с тем, что плагин Flash высасывает ресурсы. Любой, кто использовал Flash для чего-либо, кроме Windows (читай: MacOS и Linux), может подтвердить, что плагин довольно ужасен. Он теряет память и перерабатывает процессор на обеих платформах, и вот уже много лет.
Насколько я понимаю (об этом сообщалось около 2 месяцев назад), Adobe разочаровалась в том, что выпустила встроенную версию плагина Flash. К сожалению это время автономной работы было довольно ужасно. Это было связано с Hacker News и явно анекдотично, но FWIW:
http://adobegripes.tumblr.com/post/231806385/adobe-gets-bitchy-over-the-iphone-and-flash-bit
Однако я также считаю, что новые сборки Flash позволяют компилировать приложения для iPhone, что, вероятно, является более разумным путем. Насколько я помню, вы можете встроить URL-адрес iTunes Store на свою страницу и предложить пользователям iPhone загрузить приложение.