Visual Studio предлагает вам сохранить все ресурсы в Properties> Resources.resx. Но вы можете свободно добавлять свои собственные ресурсы, такие как Resources1.resx, в папку проекта. Они будут скомпилированы отдельно и не будут конфликтовать друг с другом.
Но хорошей практикой является использование только одного файла resx для каждого проекта.