У меня есть куча файлов в разных папках, которые мне нужно отредактировать.
Каждая папка имеет подпапку, в которую вложена другая подпапка.
У меня есть имена папок (genome_list.txt), и каждый из файлов, которые нужно отредактировать, имеет одинаковое имя во всех папках.
Я хочу использовать список строк из одного файла, чтобы удалить такие строки из другого файла.
Вот как выглядит моя неудачная попытка сделать это
for dir in $(cat genome_list.txt)
do
cd ${dir}/ref_map_${dir}
for samplename in $(cat remove_from_samples.txt )
do
sed -i 's/${samplename}//g' ../samples.txt
done
cd ../..
done
Файлы выглядят так:
cat remove_from_samples.txt
-s CHJ111.fq
-s CHJ727.fq
cat samples.txt
-s CHJ062.fq -s CHJ111.fq -s CHJ522.fq -s CHJ_528.fq -s CHJ727.fq
#Desired output:
-s CHJ062.fq -s CHJ522.fq -s CHJ_528.fq