У меня есть тысячи файлов ([Пример ввода для одного файла]) 1 , которые я пытаюсь обработать с помощью этого кода:
for (x in files){
message('Running: ',x)
output <- tryCatch({
ulfasQTL::findSqtl(x, geneObjectName = "gene_after_preprocess", snpFileCate = 1)
}, print(x), error=function(e){cat("ERROR :",conditionMessage(e), "\n")})
total.coefs <- rbind(total.coefs, output)
write.table(total.coefs,file = 'Output_10', sep='\t')
gc()
}
После обработки нескольких файлов он начинает выдавать следующие сообщения об ошибках и убивает:
ОШИБКА: std :: bad_alloc
ОШИБКА: невозможно выделить вектор размером 249,7 МБ
убили
Возможная причина ошибки - проблема с памятью. Я пытался это исправить, но я не смог этого сделать
Любая помощь будет высоко ценится