sommer, анализ смешанных моделей многомерных лайнеров, селекция растений

Question

У меня была возможность прочитать документацию sommer, но я смог найти некоторый пример регрессии на маркерах (параметризация rrBLUP), только примеры использования параметризации родства (параметризация GBLUP). Пожалуйста, не могли бы вы мягко сказать, если это возможно Соммер регрессировать прямо на маркеры, вместо того, чтобы использовать матрицу родства? Особенно при многовариантных сценариях (множественные черты, местоположения и т. Д.), Моделирующих неструктурированный var-cov для эффектов маркера

Answer 1

Если sommer> = 3.7, то для настройки модели rrBLUP в многовариантной настройке достаточно просто, DT_cpdata имеет хороший пример

librayr(sommer)
data(DT_cpdata)
mix.rrblup <- mmer(fixed=cbind(color,Yield)~1,
                   random=~vs(list(GT),Gtc=unsm(2)) + vs(Rowf,Gtc=diag(2))
                   rcov=~vs(units,Gtc=unsm(2)),
                   data=DT)
summary(mix.rrblup)

A <- A.mat(GT)
mix.gblup <- mmer(fixed=cbind(color,Yield)~1,
                  random=~vs(id,Gu=A, Gtc=unsm(2)) + vs(Rowf,Gtc=diag(2))
                  rcov=~vs(units,Gtc=unsm(2)),
                  data=DT)
summary(mix.gblup)

функция vs () создает дисперсионную структуру для данного случайного эффекта, а ковариационная структура для одномерного / многомерного параметра предоставляется в аргументе Gtc в виде матрицы, в которой можно указать диагональную, неструктурированную или настраиваемую структуру , Когда пользователь хочет предоставить настраиваемую матрицу в качестве случайного эффекта, такую ​​как маркерная матрица GT, для выполнения rrBLUP, она должна быть предоставлена ​​в list (), чтобы внутренне помочь sommer поместить ее в правильный формат, тогда как в версии GBLUP идентификатор случайного эффекта, который имеет метки для отдельных лиц, может иметь ковариационную матрицу, указанную в аргументе Gu.