Я думаю, что самый простой способ - использовать babel-register здесь.
Просто добавьте что-то вроде этого в начале вашей точки входа:
require("babel-register")({
only: /node_modules\/package-name/
});
Имейте в виду, что при запуске приложения будет получена вся среда выполнения babel, что может увеличить время запуска приложения.