Как только вы выйдете из 3.4.0 и к последней версии патча 3.4.x, вы сможете избежать этой ошибки.
Что касается самого запроса, вы делаете ненужное совпадение с (b: COMPANY). Ранее вы подходили всем компаниям, поэтому вы можете повторно использовать список:
MATCH (a:COMPANY)
WITH collect(a) as allCompanies
WITH allCompanies, apoc.coll.randomItems(allCompanies, size(allCompanies)/100) as companies
UNWIND companies as company
WITH company, apoc.coll.randomItem(allCompanies) as connectedcompany
CREATE (connectedcompany)-[:IS_SHAREHOLDER_OF]->(company);
Я включил перетасовку всех компаний в качестве альтернативного подхода, но ваш подход randomItems () будет работать так же хорошо.