Как правило, вы не хотите хранить базу данных в системе управления версиями. Если вы используете Flask-SQLAlchemy в соответствии с предложением Мигеля, есть способы обеспечить создание базы данных, если она не существует. Однако данные, очевидно, не будут сохранены.
Поэтому, если вы решите, что не хотите хранить файл базы данных в git, используйте его, рекомендуется добавить его в файл .gitignore, чтобы он случайно не был добавлен в систему управления версиями.
Примером того, почему вы не хотите этого делать, может быть, если у вас есть веб-сайт с большим количеством пользователей. Пользователи ввели и сохранили свои данные в вашей базе данных через приложение фляги. Обычно для производственных приложений база данных размещается как отдельное работающее приложение, поэтому даже не будет храниться вместе с вашим кодом. Причина заключается в том, что при разработке флеш-приложений таким способом очень легко использовать встроенный Python SQLLite. Он не требует никаких дополнительных программ для запуска или настройки и облегчает разработку. Используя что-то SQL Alchemy, вы можете изменить базы данных SQL, например, на postgresql в рабочей среде или на то, что вам больше подходит. Flask-Migrate (созданный Miguel) - отличная библиотека для миграции баз данных в составе Flask.