оценивать выражение в sed с каждой заменой

Question

Я хочу заменить определенный символ «M» в строке текста на «A» или «T». Выбор замены на «А» или «Т» должен происходить случайным образом для каждого «М» в строке текста.

Я пытался написать скрипт, используя sed для этого, но оценка случайного выбора «A» или «T» происходит только один раз на всей строке, а не при каждой замене. Мой скрипт выглядит так:

#!/bin/bash

ambM[0]=A
ambM[1]=T

file_in=${1?Error: no input file}

cat $file_in | sed "s/M/${ambM[$[$RANDOM % 2]]}/g"

Но если я использую это с файлом, который состоит из одной строки "M":

MMMM

Я получу либо все "А"

AAAA

Или все "Т"

TTTT

Есть ли что-нибудь, что можно сделать, чтобы заставить эту работу работать с sed? Или, может быть, эквивалентный способ сделать это с помощью awk? Спасибо за любую помощь!

Answer 1

Это может работать для вас (GNU sed & shuf):

sed '/M/!b;h;x;s/./A\nT\n/g;s/.*/echo "&"|shuf/e;s/\n//g;x;G;:a;s/M\(.*\n\)\(.\)/\2\1/;ta;P;d' file

Если нужного символа для замены нет в текущей строке, пропустите эту строку. В противном случае скопируйте текущую строку и преобразуйте ее в строку случайных A и T. Добавьте эту строку к текущей строке и заменяйте каждый M заголовком строки, пока не будут обработаны все M. Затем напечатайте текущую строку и удалите все, что осталось в пространстве шаблона.

Answer 2

Пока это одиночные символы, вы можете использовать tr с очень длинной рандомизированной целевой строкой.

tr M AAATTATAAATTTTATTTAAAT... <inputfile

tr будет кружить столько раз, сколько необходимо; поэтому в этом примере первые три M: s будут заменены на A, затем следующие два на T и т. д., начиная с того момента, когда строка назначения будет исчерпана. Просто сделайте это действительно очень долго, если вы хотите избежать каких-либо циклов.

tr M $(dd if=/dev/urandom bs=65536 count=1 | tr `\000-\077' A | tr -c A T) <inputfile

Answer 3

awk на помощь!

$ echo MMMMMMMMM | awk 'BEGIN {srand()} 
                              {do x=(rand()<0.5?"A":"T"); 
                               while (sub("M",x))}1' 

TTTAATTTT

в более общем смысле, для любого числа заменяющих символов, указанных в переменной r

$ ... | awk -v r='A T C G' 'BEGIN{n=split(r,c); srand()} 
                                 {do x=c[int(rand()*n)+1];
                                  while (sub("M",x))}1' 

обратите внимание, что рандомизация не будет полностью равномерной, особенно для низких показателей. Если вам нужно одинаковое количество замен во всех символах, это должно быть сделано неслучайно.