Я пытался подражать этому Найти строки длиной 10 с регулярным выражением
с этим
for char in updated_metabolite: found_all = re.findall('^cpd.{5}$', updated_metabolite)
список updated_metabolites выглядит так до запуска приведенного выше кода:
cpd00001;cpd00009;cpd00015;cpd00041;cpd00095;cpd00982;cpd02333 cpd00001;cpd00003;cpd00004;cpd00067;cpd00075;cpd00985 cpd00003;cpd00004;cpd00067;cpd15560;cpd15561 cpd00005;cpd00006;cpd00067;cpd14938;cpd17051 cpd00001;cpd00002;cpd00003;cpd00004;cpd00008;cpd00009;cpd00067;cpd00149;cpd03913;cpd03914 cpd00005;cpd00006;cpd11669;cpd17097 cpd00005;cpd00006;cpd00067;cpd00129;cpd02431 cpd00001;cpd00015;cpd00067;cpd00129;cpd00858;cpd00982 cpd00005;cpd00006;cpd00011;cpd00017;cpd00060;cpd00067;cpd00791;cpd02083;cpd03091;
Если вы хотите создать список из данных, разделенных точкой с запятой, вам следует использовать re.split.
re.split
lst = re.split(';|\n', updated_metabolite)
['cpd00001', 'cpd00009', 'cpd00015', ...]
Не используйте привязки начала и конца строки (^ и $), поскольку в вашем файле несколько совпадений в одной строке:
^
$
re.findall(r'cpd\d{5}', updated_metabolite)