Решение, которое я бы использовал, заключалось бы в циклическом просмотре содержимого iframe после его загрузки и установке целевых атрибутов для ссылок в iframe, чтобы они открывались либо в iframe, либо в новом окне. Вот пример использования jQuery:
$('#iframeID').contents().find('a').attr('target', '_blank');
Вы могли бы сделать нечто подобное, используя цикл и методы DOM, я опубликую некоторый код, чтобы сделать это, если вы не знаете, как это сделать.
РЕДАКТИРОВАТЬ: не может получить доступ к контенту, если его междоменный, поэтому это не будет работать в этом случае