Как и в случае с другими рекомендациями, попробуйте сделать это в нерабочее время, каков размер таблиц / индексов?
Если у вас есть Enterprise Edition, вы должны делать это онлайн, также используйте параллелизм (в зависимости от вашего количества процессоров, чтобы сделать это быстрее)
ALTER INDEX [IndexName] ON [dbo].[TableName] REBUILD WITH (ONLINE=ON, MAXDOP=X)
Также, если ваша база данных tempdb находится на отдельном диске, вы также можете включить sort_in_tempdb, чтобы разрешить выполнение промежуточных сортировок в базе данных tempdb, что также может быть полезным.