Я не совсем уверен, что вы делаете, но вы можете посмотреть исходный код в моем плагине java flavors .
Каждый вариант имеет каталоги src/$flavour/java
и src/$flavour/resources
по умолчанию и имеет отдельную задачу компиляции, тестирования и jar. Каждый вариант происходит из «основного» исходного набора, поэтому основные классы находятся в пути к классам компиляции и т. Д., Но вы также можете переопределить классы и ресурсы из «основного» исходного набора
Интересный код здесь