Взгляните на метод SPList.BreakRoleInheritance.
yourList.BreakRoleInheritance(true);
Можно передать true , чтобы скопировать назначения ролей с родительского веб-сайта, или передать false , чтобы добавить текущего пользователя к уровню разрешений, необходимому для управления списком.