Вы должны быть в состоянии сделать это, наложив читатель на <iframe>, так же, как подход с другими плагинами и <select> коробками. Кроме того, для параметра wmode тега embed (если вы его используете) установлено значение transparent. Не уверен насчет последнего, но он работает для Flash и Silverlight.
Вы можете проверить демонстрацию подхода IFRAME (только под IE) на этой демонстрационной странице . (Извините за бесстыдный штекер, это первый пример, который мне приходит в голову)