Проблема оказалась в том, что связанные пакеты имели собственную папку node_modules. Я думаю, что это могло привести к тому, что webpack создал 2 экземпляра Vue и прикрепил связанный пакет ко 2-му экземпляру.
Удаление зависимых от модулей узлов пакета и запуск webpack / vue-cli на корневом уровне решило мою проблему.