Поэлементное среднее нескольких объектов big.matrix в R - PullRequest
Новая
       41

Поэлементное среднее нескольких объектов big.matrix в R

0 голосов
/ 28 августа 2018

У меня есть 17 объектов big.matrix с файловой поддержкой (dim 10985 x 52598, 4,3 ГБ каждый), из которых я хотел бы рассчитать среднее значение для каждого элемента. Результат может быть сохранен в другом big.matrix (gcm.res.outputM).

biganalytics :: apply () не работает, так как для поля можно установить только 1 или 2. Я попытался использовать 2 для циклов, как показано здесь 

gcm.res.outputM <- filebacked.big.matrix(10958, 52598, separated = FALSE, backingfile = "gcm.res.outputM.bin", backingpath = NULL, descriptorfile = "gcm.res.outputM.desc", binarydescriptor = FALSE)

for(i in 1:10958){
   for(j in 1:52598){
    t <- rbind(gcm.res.output1[i,j], gcm.res.output2[i,j],gcm.res.output3[i,j], gcm.res.output4[i,j],
           gcm.res.output5[i,j], gcm.res.output6[i,j],gcm.res.output7[i,j], gcm.res.output8[i,j],
           gcm.res.output9[i,j], gcm.res.output10[i,j],gcm.res.output11[i,j], gcm.res.output12[i,j],
           gcm.res.output13[i,j], gcm.res.output14[i,j],gcm.res.output15[i,j], gcm.res.output16[i,j],
           gcm.res.output17[i,j])
    tM <- apply(t, 2, mean, na.rm = TRUE)
    gcm.res.outputM[i,j] <- tM
    }
}

, что займет около 1,5 минут на строку i и, таким образом, составит около 11 дней.

У кого-нибудь есть идеи, как ускорить этот расчет? Я использую 64x Windows10 с 16 ГБ оперативной памяти.

Спасибо!

1 Ответ

0 голосов
/ 28 августа 2018

Вы можете использовать этот код Rcpp: 

// [[Rcpp::depends(BH, bigmemory, RcppEigen)]]
#include <bigmemory/MatrixAccessor.hpp>
#include <RcppEigen.h>
using namespace Eigen;
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
void add_to(XPtr<BigMatrix> xptr_from, XPtr<BigMatrix> xptr_to) {

  Map<MatrixXd> bm_from((double *)xptr_from->matrix(),
                        xptr_from->nrow(), xptr_from->ncol());
  Map<MatrixXd> bm_to((double *)xptr_to->matrix(),
                      xptr_to->nrow(), xptr_to->ncol());

  bm_to += bm_from;
}

// [[Rcpp::export]]
void div_by(XPtr<BigMatrix> xptr, double val) {

  Map<MatrixXd> bm((double *)xptr->matrix(),
                   xptr->nrow(), xptr->ncol());

  bm /= val;
}

Тогда, если у вас есть список объектов big.matrix одинакового размера, вы можете сделать: 

library(bigmemory)
bm_list <- lapply(1:5, function(i) big.matrix(1000, 500, init = i))
res <- deepcopy(bm_list[[1]])
lapply(bm_list[-1], function(bm) add_to(bm@address, res@address))
res[1:5, 1:5]  # verif
div_by(res@address, length(bm_list))
res[1:5, 1:5]  # verif
...