Вы уничтожаете свой экземпляр класса. Если вы тоже хотите уничтожить GameObject, сделайте ваше свойство mobileObject
общедоступным и используйте Destroy(clone.mobileObject);
Edit: лучший способ удалить ваш экземпляр и уничтожить объект, как это;
class: mobile
{
GameObject mobileObject;
SpriteRenderer mobileSR;
int height;
int width;
public void destroy(){
Destroy(mobileObject); //deletes GameObject
Destroy(this); //deletes instance of class
}
}
тогда;
void Start()
{
mobile clone;
clone = Instantiate(mobile);
clone.destroy();
}