Нельзя объединить полную сборку фреймворка (в вашем случае «4.5 .net app») и сборку .NET Core. Это не будет работать, независимо от того, что вы используете.
Вы можете создать новую сборку с EF Core и .NET Core, которая ссылается только на то, что вам нужно. В любом случае это может быть лучшим вариантом.
Однако Microsoft.Azure.ServiceBus
, похоже, доступно для .NET Standard. Вам может потребоваться обновить версию фреймворка, но вы сможете использовать его с полной версией фреймворка.