Вы можете предоставить класс конфигурации, который расширен с DbMigrationsConfiguration<YourContext>
internal sealed class Configuration : DbMigrationsConfiguration<YourContext>
{
public Configuration()
{
AutomaticMigrationsEnabled = false;
ContextKey = "YourContext_";
}
protected override void Seed(YourContext context)
{
//Migrate your data
}
}