Вам не нужен компонент источника данных для создания экземпляра flyway. Вместо этого вы можете указать URL, имя пользователя и пароль.
Конфигурация микронавта может быть введена и прочитана, чтобы получить значения конфигурации. io.micronaut.configuration.postgres.reactive.PgPoolConfiguration
Из своих документов:
// Create the Flyway instance and point it to the database
Flyway flyway = Flyway.configure().dataSource("jdbc:h2:file:./target/foobar", "sa", null).load();
// Start the migration
flyway.migrate();