Я получил эту точную ошибку, потому что субмодуль находился в репозитории, но больше не упоминался в решении, но он ссылался на проект, который все еще находился в решении.
Вот что я сделал.
Я не смог найти подмодуль, на который есть ссылки в списке изменений.
Я использовал Git Bash, чтобы попытаться удалить нарушающий субмодуль, используя этот https://gist.github.com/gitaarik/8735255#gistcomment-2116278
Ответ: rm: cannot remove 'EventStream.Management': Is a directory
Понял, что у меня есть старый проект, который удален из решения (поэтому я его не видел), но не удален из репозитория, поскольку он все еще существовал в папке решения. Этот разыменованный проект ссылался на проект, который все еще находится в решении, которое с тех пор было обновлено. Я полагаю, что это вызвало неожиданную ошибку последовательности.
Я удалил папку, содержащую разыменованный проект, и восстановил репозиторий (я все равно хотел запустить нового мастера). Проблема исправлена.