на вашем пути
$select=$conn->query("SELECT `id` FROM `order` where `customer`='$id'");
$maxVal = 0;
while ($result=$select->fetch_assoc()) {
if($maxVal<$result['id']){
$maxVal=$result['id'];
}
}
echo $maxVal;
Но лучше
$select=$conn->query("SELECT max(id) FROM order where customer='$id'");
$result=$select->fetch_assoc();
echo $result['id'];
Или, если ваш идентификатор имеет автоинкремент, вы можете использовать
$select=$conn->query("SELECT id FROM order where customer='$id' order by id desc Limit 1");
$result=$select->fetch_assoc();
echo $result['id'];