Предполагая, что вы знаете windowId окна для прокрутки и сохранили его в переменной g:scrollWinId
:
let curWinId = win_getid()
call win_gotoid(g:scrollWinId)
normal! G
call win_gotoid(curWinId)
Я не знаю, что в скрипте Vim есть простая функция или autocmd, которую можно использовать.
Кстати: вы можете использовать appendbufline
вместо setbufline
.