Я пытаюсь использовать функцию summarise.ab1.folder для загрузки 56 .ab1 файлов в R и получения сводной информации о качестве последовательности. Я также хотел бы обрезать эти файлы, используя те же параметры. Вот что я вижу в Rstudio.
Команда, которую я использую, находится ниже - она содержит путь к папке. 1.2FL - это папка, содержащая файлы ab1.
> sf = summarise.abi.folder("~/SwineGenes/cDNA/ab1/1.2FL")
[1] "Looking for .ab1 files..."
[1] "Found 56 .ab1 files..."
[1] "Loading reads..."
[1] "Calculating read summaries..."
[1] "Cleaning up"
Warning messages:
1: In mclapply(abi.fnames, read.abif, mc.cores = processors) :
all scheduled cores encountered errors in user code
2: In mclapply(abi.seqs, summarise.abi.file, trim.cutoff = trim.cutoff, :
all scheduled cores encountered errors in user code
3: In mclapply(summaries.dat, function(x) x[["summary"]], mc.cores = processors) :
all scheduled cores encountered errors in user code
4: In mclapply(summaries.dat, function(x) x[["read"]], mc.cores = processors) :
all scheduled cores encountered errors in user code
Буду признателен за любую помощь в этом! Спасибо!