Понятия не имею, почему scale_fill_manual здесь не работает, а scale_shape_manual и scale_colour_manual работают. Я искал, но никто не решил проблему.
R код:
ggplot(Alltable,aes(x=Alltable$feature,
y=Alltable$data.Nonsynonymous.tumor.mutation.burden,
fill=Alltable$feature,
shape=Alltable$feature,colour=Alltable$feature))+
labs(x='',y='Tumor mutation burden')+
theme_classic()+
geom_boxplot(fill="white",color="black",lwd=1)+
geom_quasirandom(size=1.5,width=0.3,varwidth=T)+
scale_colour_manual(values=c("CR/PR"<-"blue","SD/PD"<-"red","DCB"<-"green3","NDB"<-"purple"))+
scale_shape_manual(values=c("CR/PR"=1,"SD/PD"=0,"DCB"=6,"NDB"=5))+
scale_fill_manual(values=c("CR/PR"<-"blue","SD/PD"<-"red","DCB"<-"green3","NDB"<-"purple"))+
theme(legend.position="none")