Я бы поставил вместо списка скорость, и, безусловно, Pandas лучше из-за скорости и легкости кода. Вы можете использовать x в y логике, чтобы получить результаты;)
import io #not needed in your case
import pandas as pd
data = io.StringIO('''090b5be26bcc4df6186124c2b47831eb96761fcf61282d63e13fa235a20c7539,Plankton
bedf51a5732d94c173bcd8ed918333954f5a78307c2a2f064b97b43278330f54,DroidKungFu
149bde78b32be3c4c25379dd6c3310ce08eaf58804067a9870cfe7b4f51e62fe,Plankton''')
df = pd.read_csv(data,sep=',',header=None)
malware_set = ("FakeInstaller","DroidKungFu", "Plankton",
"Opfake", "GingerMaster", "BaseBridge",
"Iconosys", "Kmin", "FakeDoc", "Geinimi",
"Adrd", "DroidDream", "LinuxLotoor", "GoldDream"
"MobileTx", "FakeRun", "SendPay", "Gappusin",
"Imlog", "SMSreg")
df.columns = ['id','software']
df['malware'] = df['software'].apply(lambda x: x.strip() in malware_set)
print(df)