Это можно сделать очень эффективно с помощью.
Match (e:Entity)
Set e.links_to = size((e)<--()),
e.links_from = size((e)-->())
Если вы хотите использовать APOC для ускорения и параллельной работы
Call apoc.periodic.iterate(
' match (e:Entity) return e',
' set e.links_to = size((e)<--()),
e.links_from = size((e)-->())',
{batchSize:10000,parallel: true})