Что делает Facebox, так это то, что он копирует innerHTML указанного вами div в собственный div для отображения. Это означает, что если у вас есть элемент с определенным идентификатором, он будет продублирован и, следовательно, будет иметь 2 элемента с одинаковым идентификатором - довольно волосатый.
Использование Facebox с UpdatePanel усложнит ситуацию. Я бы порекомендовал, чтобы у вас были поля, контролируемые Javascript, появляющиеся в Facebox, и используйте эти поля для манипуляции с действующей панелью обновления.
например. (в лицевой панели div, без формы):
<input type="button" onclick="submitUpdatePanel();" value="Submit" />