Вариант того, что сказал moxn,
Всплывающее окно принимает загрузку файла, отправляет файл на сервер, а затем возвращает другую страницу, указывающую, был ли файл успешно загружен.
Я не знаю, какой язык на стороне сервера вы используете, но на этой странице возврата должно быть что-то вроде:
if (file was uploaded successfully){
print "<html>
<body onload='window.opener.trigger()'>
file uploaded successfully, please close this window
</body>
</html>";
}else{
print "<html>
<body>
could not upload file due to [reason], please re-upload the file
</body>
</html>";
}
Обратите внимание на body onload=''
в первой части условного ...
Надеюсь, это поможет