Meteor отлично подходит для создания приложений Full Stack (внешний и внутренний) и имеет встроенную поддержку MongoDB, которые вместе достаточно эффективны для создания приложений реального времени (например, с использованием DDP).
Express - это MVC Framework, встроенный в Javascript и работающий на Node. При использовании Express (стек MEAN) вам, как правило, придется учитывать больше технологий и сред, которые имеют более крутой график обучения по сравнению с Meteor.
Учитывая, что вы собираетесь разрабатывать приложение Full Stack, создание API с использованием Meteor является более простым. По предложению Миккеля, restivus будет пакетом Meteor, который следует учитывать при создании службы REST.
Если сложность не является препятствием, использование Express может привести к более эффективному решению.