Files.find
возвращает поток, который вы не использовали, поэтому лямбда, которую вы передали, чтобы добавить файлы в неиспользуемые каталоги.
поток должен быть использован, попробуйте следующее
`
public static void main(String[] args) throws IOException {
List<File> dirs = new LinkedList<File>();
Files.find(Paths.get("."),
Integer.MAX_VALUE,
(path, basicFileAttributes) ->
dirs.add(path.toFile())).forEach((ignore)->{});
java.lang.System.out.println( dirs.size() );
}