Большинство (все?) Django доступно в GAE, поэтому ваша главная задача - не основывать свои дизайны на чем-то зависимом от Django или стандартных библиотек Python, которых нет в GAE.
Вы определили явную разницу, которая является базой данных, поэтому я предполагаю, что вы на вершине этого. Еще одно отличие заключается в привязке к учетным записям Google, и, следовательно, при желании вы можете изрядно контролировать доступ через файл app.yaml, а не через код. Однако вам не нужно ничего этого использовать, поэтому, если вы не планируете переходить на учетные записи Google при переходе на GAE, нет проблем.
Я думаю, что различия в стандартных библиотеках в основном могут быть выведены из того факта, что GAE не имеет библиотек ввода-вывода и C-ускоренных, если это не указано явно, и мой опыт пока таков, что я ожидал, что они будут там были там. Я не знаю Django и не использовал его в GAE (кроме шаблонов), поэтому я не могу это комментировать.
Лично я, вероятно, не нацелился бы на LAMP (где P = Django) с намерением перейти на GAE позже. Я бы разработал для обоих вместе, и постараюсь по возможности убедиться, что различия сохраняются на самом верху (конфигурация) и на самом низу (модель данных). Версия GAE не обязательно должна быть идеальной, если вы знаете, как сделать ее идеальной в случае необходимости.
Не гарантируется, что это быстрее, чем запись и портирование, но я думаю, что это будет нормально. Самый простой способ обнаружить какие-либо различия - это запустить код, а не полагаться на то, что в документах GAE ничего не пропущено, поэтому вы, скорее всего, сохраните некоторые ошибки, которые необходимо убрать. Python SDK является довольно хорошим приближением к реальному App Engine, поэтому все или большинство ваших тестов могут выполняться локально большую часть времени.
Конечно, если вы в конечном итоге решите не портировать, значит, вы проделали ненужную работу, поэтому вам нужно подумать о вероятности этого и о том, считаете ли вы разработку GAE пустой тратой времени, если она не нужен.