«Периферийные устройства имеют ПЛИС». Это не имеет смысла для меня. Вы имеете в виду, что FPGA имеет периферийные блоки IP, верно? Я также предполагаю, что вы используете Yocto / OpenEmbedded, поскольку именно так Xilinx обеспечивает поддержку Linux BSP.
Xilinx SDK должен был сгенерировать HDF, который потребляется в процессе сборки Yocto. BOOT.bin - это то, что настраивает ПЛИС, я верю, однако я не уверен во внутренностях. Вы можете взглянуть на meta-updater или meta-mender для вашего подхода к обновлению OTA. Чтобы запрограммировать IP-блоки стороны FPGA в поле, обновите BOOT.bin вместе с ядром и деревом устройств. Рекомендую двойную проверку с помощью Xilinx FAE.