У меня нет большого опыта конвертации файлов генотипов, но я хотел бы знать, возможно ли конвертировать файл карты hap в файл генотипирования VCF для импорта в R? Любой R-код или ссылки, чтобы начать? Спасибо.
Я ищу программу под названием linkimpute, но для этого требуется файл VCF. У меня есть только файл hapmap http://www.cultivatingdiversity.org/software.
Любые предложения о том, могу ли я получить Hapmap в файл VCF или мне нужен другой вариант. Вот мой код r до сих пор.
system("java -jar LinkImputeR.jar -s accuracy.ini")
system("java -Xmx6G -jar LinkImputeR.jar impute2.xml -a output.txt")
Я знаю, что есть код для преобразования VCF в файл hapmap, но мне нужен только hapmap в VCF.