Я анализирую форму лепестков у двух видов растений и гибрид между ними, используя пакет R morphometrics 'geomorph'. Я использовал TPSdig для создания кривых, очерчивающих три разных лепестка на растение. Когда я импортирую кривые в R (который добавляет точки кривой к фиксированным ориентирам), я создаю графики PCA, чтобы увидеть, как форма лепестка отличается между двумя видами и гибридами.
В своем нынешнем виде каждая кривая лепестков имеет свою собственную оценку ПК, которая затем наносится на график как отдельная точка (таким образом, есть три точки на растение). Я хотел бы взять среднее из трех лепестков, чтобы каждая точка в PCA представляла отдельное растение (среднее из трех лепестков).
Мое единственное решение на данный момент - экспортировать результаты ПК, усреднить их в Excel, затем импортировать в R и построить PC1 / PC2 с помощью ggplot2, но было бы очень полезно, если бы был способ сделать это в 'geomorph' Так как тогда я мог бы легко определить, какая точка представляет какое растение, а также создать тонкие сплайновые сетки.
В идеале я бы получил график всех усредненных растений в пространстве основных компонентов и четыре тонкие сплайновые сетки, показывающие формы, связанные с положительными и отрицательными концами горизонтальной и вертикальной осей.
Я могу предоставить свой код, если требуется.
Спасибо!