как исправить 'Ошибка: переменные длины отличаются (найдено для' input $ s ')' в R Shiny - PullRequest
Новая
       76

как исправить 'Ошибка: переменные длины отличаются (найдено для' input $ s ')' в R Shiny

0 голосов
/ 06 января 2019

Я пытаюсь сделать простой блестящий ап для создания кривых выживания Каплана-Мейера, которые стратифицированы от выбора, который делает пользователь. Когда я кодирую расчет КМ статически (с именем столбца thorTr), он работает, но расчет и график статичны. Когда я заменяю на input $ s, я получаю ERROR: переменные длины отличаются (найдено для 'input $ s')

Я пытался посмотреть на другой код, который использует as.formula и paste, но я не понимаю и не могу приступить к работе. Но я новый пользователь R и Shiny, так что, возможно, я не понял это правильно. Вот похожий блестящий ап, но я хочу использовать Survminer и ggsurvplot для построения 

library(shiny)
library(ggplot2)
library(survival) 
library(survminer)

#load data
data(GBSG2, package = "TH.data")


#Define UI for application that plots stratified km curves
ui <- fluidPage(

  # Sidebar layout with a input and output definitions
  sidebarLayout(

    # Inputs
    sidebarPanel(

      # Select variable strat
      selectInput(inputId = "s", 
                  label = "Select Stratification Variable:",
                  choices = c("horTh","menostat","tgrade"), 
                  selected = "horTh")

    ),

    # Outputs
    mainPanel(
      plotOutput(outputId = "km")
    )
  )
)

# Define server function required to create the km plot
server <- function(input, output) {

  # Create the km plot object the plotOutput function is expecting
  output$km <- renderPlot({

    #calc KM estimate with a hard coded variables - the following line works but obviously is not reactive
    #km <- survfit(Surv(time,cens) ~ horTh,data=GBSG2)

    #replaced hard coded horTh selection with the respnse from the selection and I get an error
    km <- survfit(Surv(time,cens) ~ input$s ,data=GBSG2)

    #plot km
    ggsurvplot(km)

  })

}

# Create a Shiny app object
shinyApp(ui = ui, server = server)

Я ожидаю, что будет график, который обновит переменную стратификации с выбором пользователя

Ответы [ 3 ]

0 голосов
/ 17 января 2019

Попробуйте использовать surv_fit() вместо survfit().

surv_fit() - это помощник из survminer, который по-разному оценивает область по сравнению с survival:survit(), что, как вам кажется, нужно Байрону.

Мой фрагмент выглядит так: 

output$plot <- renderPlot({

    formula_text <- paste0("Surv(OS, OS_CENSOR) ~ ", input$covariate)

    ## for ggsurvplot, use survminer::surv_fit instead of survival:survfit
    fit <- surv_fit(as.formula(formula_text), data=os_df)
    ggsurvplot(fit = fit, data=os_df)
})
0 голосов
/ 19 января 2019

Привет, наконец, получил это, чтобы работать, комбинируя оба решения. Я не понимаю исправления, но, по крайней мере, теперь это работает так, как я хотел:) 

library(shiny)
library(ggplot2)
library(survival) 
library(survminer)

data(GBSG2, package = "TH.data")

# Define UI for application that plots features of movies
ui <- fluidPage(

  # Sidebar layout with a input and output definitions
  sidebarLayout(

    # Inputs
    sidebarPanel(

      # Select variable strat
      selectInput(inputId = "s", 
                  label = "Select Stratification Variable:",
                  choices = c("Hormone Therapy" = "horTh",
                              "Menopausal Status" = "menostat",
                              "Tumor Grade" = "tgrade"), 
                  selected = "horTh")

    ),

    # Outputs
    mainPanel(
      plotOutput(outputId = "km")
    )
  )
)

# Define server function required to create the scatterplot
server <- function(input, output) {

  # Create the km plot object the plotOutput function is expecting
  output$km <- renderPlot({

    ## calc survival curve and plot
    kmdata <- surv_fit(as.formula(paste('Surv(time,cens) ~',input$s)),data=GBSG2)
    ggsurvplot(kmdata)

  })

}

# Create a Shiny app object
shinyApp(ui = ui, server = server)
0 голосов
/ 08 января 2019

Две вещи:

  1. Формула в вызове survfit() должна быть определена явно. Объект, передаваемый в survfit() в исходном коде, использует символьное значение в правой части функции. Это приводит к ошибке, которую мы можем устранить, переведя все вставленное значение в формулу, то есть as.formula(paste('Surv(time,cens) ~',input$s))
  2. Формула должна быть определена в вызове ggsurvplot(), чтобы избежать проблем с областями видимости. Это немного более технически и связано с тем, как программируется ggsurvplot(). По сути, ggsurvplot() не может получить доступ к формуле, определенной вне собственного вызова.

Попробуйте заменить 

km <- survfit(Surv(time,cens) ~ input$s ,data=GBSG2)
ggsurvplot(km)

с 

ggsurvplot(survfit(as.formula(paste('Surv(time,cens) ~',input$s)),data=GBSG2))
...