Каждая строка всегда содержит пустую строку.
i = 'anything'.count('')
print(i)
# 9
Как видите, между каждой буквой, до и после строки, есть "пустая строка".
В вашем примере вы можете убедиться, что непустая строка введена так:
while(True):
s1 = input("enter 1st string: ")
if s1 != '':
break
while(True):
s2 = input("enter 2nd string: ")
if s2 != '':
break
if s2 in s1:
print("found")
else:
print("not found")
Также обратите внимание:
s = '' + 'a' + '' + 'n'+ '' + 'y' + '' + 't' + '' + 'h' + '' + 'i' + '' + 'n' + '' + 'g' + ''
print(s == 'anything')
# True
print(s.count('')
# 9
Добавление дополнительных пустых строк не имеет никакого эффекта.
s += ''
print(s.count('')
# 9